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由于腐植酸钠结构的复杂性，目前对腐植酸钠的降解特性仍然存在争议。而据研究表明，腐植酸钠中仅有少部分是可生物降解的，大部分具有生物抑制基团。但黄廷林等的进一步研究指出，腐植酸钠具有一定的可生物降解能力，只因受到生物反应器的各种因素的影响，其速度一般较慢。
腐植酸阳离子交换量大，有较强的吸附缓冲性和螯合能力，可提高土壤中的养分利用率，缓冲酸碱危害等作用。腐植酸是有机大分子胶体，具有很强的吸水、蓄水功能，粘土颗粒吸水率一般为50%-60%，而腐植酸类物质的吸水率可达500%-600%，所以，使用腐植酸类肥料有利于改善土壤水分状况。
腐植酸含有多种具有化学活性和生物活性的官能团，具有刺激作物生长发育的作用，可使种子早萌发、早出苗、早开花、早座果，同时还能增加根长、根量和根系活力，增强作物根系吸收养分和水分的能力。
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